A XVI. században a magyarság válságos időszakét élte: az ország középső részeire bevonult a török (1541-ben), az erdélyi területek elkülönültek ugyan, de erős török függésben kellett létezniük (Erdélyi Fejedelemség szultáni hűbérben) az északi és nyugati részeken pedig bár névleg létezett a Magyar Királyság, valójában a Habsburgok uralmát viselte. A három részre szakadt magyarság mégis megpróbálta a túlélést, kereskedett, gazdálkodott és megőrizte nemzeti sajátosságait. A legtöbb nemes a középkori feudalizmusban megszokott jövedelmeken túl (robotoltatás, kilenced szedés ... stb) hízómarha kereskedelemmel is elkezdett foglalkozni. Ennek voltak segítői a földesurak szolgálatában álló marha-hajtók (röviden: hajtók) akiket később hajdúkként emlegettek, miközben jelentős társadalmi réteggé váltak. 

Hajdúk. A kép forrása: rubicon.hu

A folyamat lassan ment végbe: a nemesek kezdetben saját jobbágyaik közül választották ki a legerősebb, legértelmesebb és legbátrabb fiatalokat, hogy eltereljék marháikat a bécsi, észak-itáliai vagy német állatvásárokba. Az út nem volt veszélytelen: az útonállók, rablók, banditák sokszor álltak lesben ugyanis, hiszen egy-egy marha vagy ökör komoly értéket képviselt, ha sikerült megszerezniük. Így a hajtóknak bátraknak és harciasaknak kellett lenniük, hogy fokossal, karddal és puskákkal megvédjék földesuruk portékáját. A hajtók tehát idővel a legjobb harcosok lettek, akiknek már nem kellett többé visszatérniük jobbágy-életmódjukhoz, önálló, elkülönülő réteget kezdtek képezni. A század végére a hajdúkat már elsősorban katonákként és fegyveresekként emlegetik a források, akiknek bizonyos vidékeken (pl Erdélyben) saját vezetőik is vannak és komoly kiváltságokat élveznek.

Időközben a hajdúk egy része visszaélve katonai képzettségével rablónak állt és fosztogatásokból tartotta fenn önmagát. Innentől a hajdúság különböző csoportokra szakadt szét: a rablók, fosztogatók mellett egyes csoportjaik a végvárakban lettek a király harcosai és nagyon sokan maradtak földesúri szolgálatban is. Részt vettek az 1514-es Dózsa-parasztfelkelésben és a török-elleni 15 éves háborúban is (1591-1606).

A történelem színpadára a hajdúk először a Bocskai-szabadságharc idején kerültek, egészen pontosan 1604 október 14-én, amikor Lippai Balázs és Némethy Balázs hajdúkapitányok vezetésével a hajdúk az Erdélyt 4 évvel korábban megszálló és ott visszaéléseket elkövető osztrákok ellen fordultak. Az álmosdi csatában (az említett napon) a 3 ezres hajdúsereg legyőzte Johannes Pezzen császári ezredes csapatait. A két hajúkapitány az erdélyi hajdúkat összefogva csatlakozott a szintén Habsburgok ellen lázadó Bocskai István seregéhez.

Bocskai István, Ábrányi Lajos festménye. Forrás: dka.oszk.hu

A felkelés alatt a hajdúk végig kitartottak Bocskai oldalán, így a végső győzelem után (Bécsi béke 1606 június 23.) jutalmuk egy egész országrész lett Debrecen környékén, ahol teljes önállóságot élvezve és kiváltságokkal elhalmozva élhettek. Ez a terület később róluk kapta a Hajdúság elnevezést (ma is egyik megyénk viseli nevüket).

A XVII. századtól az úgynevezett Hajdúkerület a vármegyékkel egyenrangú, önálló törvényhatóságként működött és a pozsonyi országgyűléseb követeket is küldhetett. A Hajdú-kiváltság felszámolására végül a kiegyezés után került sor az 1876-os vármegyerendezés alkalmával.